ご回答ありがとうございます。
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これは仕様変更によるものです。2.0 ではキー入力を持つコントロールとキー入力を持たないコントロールに分け、キー入力を持たないコントロールでは、IME が機能しないように変更いたしました。
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この仕様変更は、私は少し抵抗があります。もしそのような仕様変更であれば、UserControlが持っているImeModeプロパティはほとんど意味がないものになってしまいます。実際、ImeModeプロパティで、ImeMode.Hiraganaを指定しても無視されます。
日本語キー入力を受け付ける、受け付けないは、開発者に選択させてもよかったのではないでしょうか？
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そうするためには、単純にIMEが使える使えないではなく、どうしても、IME（IMM）関連のメッセージに応じたり、メソッドを呼び出す必要が出てきます。残念ながら現状ではこれらの対応を行うためには低レベルなメソッドを呼び出す必要があります。
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imm関連のAPIを実際に呼び出していますが、やはり日本語入力モードには移行しません。ただ、これに関しては私の調査が足りないのかもしれません。
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キー入力を受け付ける場合は、Contorl や TextBox （BorderStyle=None, BackColor=Control, Multiline=true）等を全面に貼り付けて使用してください。
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現状はScrollableControlを継承することにより、カスタムコントロールを作成しています。
＃この件に関しては昨日、インシデントを発行しております。